Secondo una notizia raccolta da Tertulliano sulla fine del II secolo dopo Cristo, l'evangelista Giovanni avrebbe subito a Roma il martirio con l'immersione in una caldaia di olio bollente e, uscitone illeso, sarebbe stato relegato a Patmos.

   Il luogo del martirio viene localizzato nei pressi della Porta Latina. Questa notizia è riferita dai martirologi, a cominciare dal secolo VII, quando già nella vicina basilica si celebrava la festa in onore del Martire.

  La tradizione che la costruzione della basilica risalga al pontificato di Gelasio (492-496) trova conferma nelle tegole del vecchio tetto, di cui una è conservata come leggìo, che portano stampigli dell'epoca di Teodorico (495-526).

  Nell'ambone si trova una tegola del vecchio tetto che porta uno stampiglio dell'epoca di Teodorico (495-526).

La Basilica del 1940

La Basilica oggi

   La basilica, restaurata nel secolo VIII ad opera di Adriano I, subì un parziale rifacimento sulla fine del secolo XII, e fu riconsacrata da Celestino III nel 1190.

   Un ulteriore ammodernamento "baroccheggiante" si ebbe nei secolo XVI-XVII, ma la basilica fu riportata alla primitiva semplicità nel 1940-41, ad opera dei Padri Rosminiani, che ivi si stabilirono e apersero nel 1938 il Collegio Missionario Antonio Rosmini, nell'edificio adiacente alla chiesa.